Zespół Pomocy Kościelnej dla Katolików na Wschodzie istnieje już od 1989 roku. Stosownie do wskazań 238. Konferencji Plenarnej Episkopatu Polski kard. Józef Glemp, dekretem nr 3743/89 z dnia 30 grudnia 1989 roku, powołał Zespół Pomocy Kościelnej dla katolików w ZSRR, a jego przewodniczącym mianował bp.Jerzego Dąbrowskiego, zastępcą sekretarza Episkopatu Polski. Członkami Zespołu prymas mianował: ks. Stanisława Kuraciłskiego SAC i ks. Edwarda Michalskiego TChr. Zespół miał przede wszystkim koordynować pomoc podejmowaną przez poszczególne diecezje i zgromadzenia zakonne, a także organizować pomoc osobową oraz rzeczową (np. szaty i naczynia liturgiczne, książki religijne).
W latach 1991 – 2000 ofiarnie służyli Bogu i Kościołowi katolickiemu na Wschodzie: bp Ryszard Karpiński, biskup pomocniczy diecezji lubelskiej, który na podstawie decyzji 245. Konferencji Biskupów Diecezjalnych zebranych w Warszawie 28 lutego 1991 roku otrzymał od kard. Józefa Glempa, prymasa Polski nominację na okres trzech lat na przewodniczącego Zespołu Pomocy Kościelnej dla Katolików w Związku Radzieckim (dekret nr 556/91/P z dnia 2 marca 1991).
Nadto stosownie do wskazań Konferencji Episkopatu Polski i w porozumieniu z przełożonym Towarzystwa Chrystusowego dla Polonii Zagranicznej, kard. Józef Glemp mianował ks. Wiesława Wójcika TChr, członkiem Zespołu Pomocy Kościelnej dla Katolików w ZSRR (dekret nr 3102/91/P z dnia 15 października 1991). W roku 1992 dokonano zmiany w nazwie tej kościelnej organizacji. Ksiądz Andrzej Franciszek Dziuba, z Sekretariatu Prymasa Polski, pismem nr 724/92/P z dnia 5 marca 1992 roku, poinformował bp. Ryszarda Karpińskiego, że prymas Polski, kard. Józef Glemp, wyraził zgodę, by dotychczasowy Zespół Pomocy Kościelnej dla Katolików w ZSRR mogą się nazywać: Zespół Pomocy Kościelnej dla Katolików na Wschodzie. Na miejsce ks. Wiesława Wójcika TChr, po niemal dziesięciu latach jego pracy w Zespole, za zgodą przełożonych zakonnych został wyznaczony ks. Józef Kubicki TChr, który otrzymał nominację od kard. Józefa Glempa, dekret nr 4313/00/P z dnia 22 grudnia 2000 roku. Tak, więc od 31 stycznia 2001 roku biurem Zespołu przy Sekretariacie Konferencji Episkopatu Polski kieruje ks. dr Józef Kubicki TChr.
Na Zebraniu Plenarnym Konferencji Episkopatu Polski, która odbyła się na Jasnej 25 sierpnia 2001 roku, powołano Radę Programową, w skład, której weszli bp Tadeusz Pikus, jako jej przewodniczący z Archidiecezji Warszawskiej, bp Edward Janiak z Archidiecezji Wrocławskiej oraz bp Jacek Jezierski z Archidiecezji Warmińskiej. Ten fakt wskazuje, że Zastępcą, został odłączony od bezpośredniego wpływu Komisji Episkopatu ds. Misji, ponieważ nie ma w Kościele katolickim na Wschodzie Komisji, lecz jest pomoc odradzającemu się Kościołowi katolickiemu na Wschodzie. Zespół opracował Regulamin, który został przyjęty i zatwierdzony przez 338. Zebranie Plenarne Konferencji Episkopatu Polski w dniu 13 marca 2007 roku. Według Regulaminu nazwa Zespołu uległa zmianie na: Zespół Pomocy Kościołowi na Wschodzie. Aktualnie w skład Zespołu Pomocy Kościołowi na Wschodzie przy Sekretariacie Konferencji Episkopatu Polski wchodzą: bp Tadeusz Pikus, jako przewodniczący Zespołu oraz jego nowo wybrani członkowie księża biskupi: Tadeusz Bronakowski, biskup pomocniczy Diecezji Łomżyńskiej i Marian Rojek, biskup pomocniczy Archidiecezji Przemyskiej, a także ks. Leszek Kryża TChr dyrektor biura Zespołu.